כמו שרומז שמו ( Pharaoh Hound), כלב פרעה, הוא גזע עתיק שמקורו ממצריים וניתן למצוא תזכורות רבות של בהיסטוריה הארוכה שלו באומנות ובספרות.

חפץ עתיק מלפני 4000 שנה מתאר שני כלבים המזכירים כלבי פרעה, אשר צדים צבי.
כלבים אשר מזכירים את גזע זה מתוארים לא אחת ככלבים שמלווים מלכים ורוזנים באמנות המיצרית העתיקה.
יש גם תעוד בכתב יד של שושלת מיצרית אשר מתארת במפורש את גזע זה, אם דגש נרחב על הנטייה להסמיק אשר מזוהה עם הגזע (ניתן לקרוא בהרחבה באלבום של הגזע כאן בדף)

ממצרים, כלב פרעה יובא למלטה ע"י סוחרים כנענים ( הכנענים, היא תנועה אידאולוגית-תרבותית, אשר ניסתה למתוח קו ישיר בין העמים שחיו בארץ ישראל באלף השני לפני הספירה, ובין העם העברי בארץ ישראל במאה העשרים, תוך ניסיון ליצור תרבות חדשה-ישנה ולהתנתק מהמסורת היהודית-גלותית – לקוח מויקיפדיה ).
הוא נקרא על ידי סוחרים אלה "kelb tal-Fenek" – משמעות השם "הכלב של ארנב".
כיום כלב הפרעה הפך לגזע הרשמי של מלטה.

גזע הפרעה נותר לא ידוע במידה רבה במערב, עד שהגיע לאנגליה בשנת – 1930.
הכלב הראשון שיובא לארה"ב היה בשנת 1967.
מועדון הגזע של כלבי פרעה באמריקה נוסד בשנת 1970 והגזע הוכר רשמית על ידי AKC בשנת 1984.

גזע זה הוא עדיין זן נדיר, אבל הוא יכול להמצא בכל רחבי העולם, בכל מקום שאנשים מעריכים את המראה הייחודי שלו ואת אישיותו.