הקאראקאצ'אן הוא מולוסר ממוצא בלקני.
אם נדייק, הוא מגיע מבולגריה, אך הוא איננו משתייך לבולגריה עצמה, אלא אל שבט נוודים עתיק ממוצא יווני, בשם Sarakatsani.

ישנו גזע נוסף בשם – רועה בולגרי והוא מורכב מרועה קווקזי, רועה אסייתי, סן ברנרד, ניופאונדלנד וגם מהקאראקאצ'אן העתיק.
אך אסור לבלבל בינהם.
הקאראקאצ'אן הוא גזע עתיק מאוד, שורשיו מתחילים אצל העם התארקי, הוא בעל אופי פרימיטיבי והישרדותי ואינו מתאים לכל אחד.
הרועה הבולגרי הוא גזע מודרני ומעודן בהרבה, גם יותר קל לגדל.